古くは松尾の国祭と称せられており、３月中卯日に出御、４月上酉日に祭礼となっていましたが、明治時代から以降は、４月下卯日に出御、５月上酉日に還御となり、さらに昭和３６年からは現在の様に、４月２０日以後の第一日曜日に出御、それから２１日目の日曜日に還御となっています。出御祭には松尾七社（大宮社、月読社、櫟谷社、宗像社、三宮社、衣手社、四之社）の神輿（月読社は唐櫃）が、ご本殿のご分霊を受けて、拝殿を三回廻った（拝殿廻し）後、順次社頭を出発し松尾・桂の里を通って、桂離宮の東北方から桂川を船で渡り、左岸堤防下で七社勢揃いし、古例の団子神饌を献じた後、四基の神輿と唐櫃とは西七条御旅所に、二基の神輿は西京極の川勝寺と郡の御旅所に至り、そこに駐輦されます。

還幸祭には、三ヶ所の御旅所に駐輦されていた神輿と月読社の唐櫃とが、西寺跡の｢旭の杜｣に集合し、ここで古例による西ノ庄の粽の御供、赤飯座（あかいざ）の特殊神饌をお供えして祭典をした後、列を整えて　途中朱雀御旅所に立ち寄り、ここでも祭典、次いで七条通りを西に進み、西京極、川勝寺、郡、梅津の旧街道を経て、松尾橋を渡り、本社に還御されます。この還幸祭は神輿渡御祭の中心で、今でも氏子中で｢おまつり｣と言えば、この祭を意味します。本社でも本殿、楼門、社殿、各御旅所の本殿、神輿から供奉神職の冠・烏帽子に至るまで、葵と桂で飾るので、古くから｢葵祭｣とも言われてきました。賀茂両社の｢葵祭｣は観光名物としてあまりにも有名ですが、秦氏との関係の深い当社や伏見稲荷大社にも実は同様の伝統が存在しています。この神幸祭・還幸祭には、いずれも吉祥院地区から二組の稚児が｢榊御面（さかきごめん）｣の役を奉仕する例で、翁・嫗の面をつけた榊の大枝を奉持して先導役を務めます。また還幸祭には下津林地区から選ばれた稚児が｢松尾使｣として奉仕します。